L'AFFQ souscrit à des principes et des pratiques de gouvernance où la compétence, l'exemplarité et la rigueur prévalent. Cela, à tous les niveaux de gestion de l'Association, qu'il s'agisse du conseil d'administration, du comité exécutif ou de la direction.

Les membres du conseil d'administration, de même que l'équipe responsable de la permanence, cumulent toutes plusieurs années d'expérience et y sont nommées en reconnaissance de la pertinence de leur parcours et de la valeur ajoutée que leurs compétences et réseaux respectifs sont susceptibles d'amener à l'Association et à ses membres. Le conseil de l'AFFQ est élu pour des mandats de 2 ans.